Stiftsøvrigheden er et kollegialt organ, som siden 1793 har bestået af biskoppen og stiftamtmanden. Dette gælder også efter kommunalreformen i 2007, idet Ankestyrelsens direktør formelt varetager funktionen som stiftamtmand i 2 stifter.
Det betyder i praksis, at Ankestyrelsens direktør udpeger en person på ankechefniveau til at udføre hvervet som stiftamtmand i et stift. I Lolland-Falsters Stift er det ankechef Henrik Horster, der er stiftamtmand.
Stiftsøvrigheden består dermed af biskop Marianne Gaarden og stiftamtmand Henrik Horster.
Administrationen af stiftet som helhed finder sted gennem bispeembedet og stiftsøvrigheden. Biskoppen har tilsynet med præsterne og det kirkelige liv i sognene, og sammen med stiftamtmanden udgør hun stiftsøvrigheden, der har tilsynet med sognenes administrative og økonomiske forhold. Tilsynet foregår i et samarbejde med provster og provstiudvalg.
Stiftsøvrigheden er statslig sektormyndighed i henhold til planlovgivningen og tager som sådan stilling til og forhandler om region-, kommune- og lokalplaner.
Desuden udøves der fra stiftsøvrigheden en rådgivende virksomhed i juridiske, økonomiske og tekniske spørgsmål. Stiftets konsulenttjeneste vil ofte være inddraget i denne rådgivende virksomhed.
De tilsynsfunktioner, som er tillagt stiftsøvrigheden, består i den kontrolvirksomhed, som skal sikre, at beslutninger og iværksættelsen af dem sker i overensstemmelse med gældende lovgivning.